Một nhà hình thái học thực vật phải đưa ra những so sánh giữa cấu trúc của nhiều thực vật khác nhau trong cùng hoặc khác loài. Thực hiện phép so sánh như vậy giữa những cấu trúc tương tự nhau trên những thực vật khác nhau giúp giải đáp câu hỏi tại sao những cấu trúc đó lại tương tự nhau. Cũng khá có khả năng là những nguyên nhân tiềm tàng tương tự như di truyền, sinh lý hay phản hồi lại môi trường đã dẫn tới sự tương tự về mặt ngoại hình này.